По мере использования гостевой операционной системы размер файла с её образом на дисковом накопителе(или других видах носителей - в Интернет встречался с мнением что ssd дисковым накопителем не является) может увеличиваться. Это может быть связано с тем что гостевая операционная система помечает определённые сектора к удалению реально не очищая их, из за чего после удаления файлов внутри гостевой операционной системы размер файла образа на hdd/ssd диске или ином накопителе может не уменьшиться. Действия по разметке секторов которые более не заняты в файловой системе внутри гостевой операционной системы можно выполнить вручную, а далее выполнением специальной команды к файлу которые находится в папке куда установлена VirtualBox можно произвести уменьшение размера VDI-файла образа. Предположительно такие действия можно выполнить только с VDI файлами, а для того чтобы выполнить такую процедуру с vmdk файлом предположительно потребуется сначала преобразовать его в vdi после чего выполнить команду для уменьшения размера а затем снова переконвертировать в исходный формат.
Для заполнения неиспользуемых секторов файловой системы внутри гостевой операционной системы можно выполнить в гостевой ОС команду: dd if=/dev/zero of=~/zeros bs=4M status=progress дальнейшие действия по уменьшению размера файла образа я выполнял на выключенной гостевой операционной системе(можно ли выполнять последующие действия на включенной гостевой ОС - не изучено). Кроме того после выполнения указанной в данном абзаце команды создастся файл с записанными в нём нулями, в моём случаи он создавался в дирректории /root поскольку команда выполнялась когда пользователь находился в этом каталоге(хотя есть сомнения может быть даже если у пользователя выбрана другая дирректория то может быть всё равно файл создастся в домашней дирректории пользователя). Этот файл можно перед выполнением следующей команды удалить, принципиально ли удаление до выполнения следующей команды - не выяснено, тем не менее если файл с нулями будет удалён после выполнения следующей команды - в моём случаи файл образа так же стал занимать меньше места, тем не менее не выяснено в полной ли мере уменьшается размер файла образа в таком случаи.
Для запуска непосредственно процедуры сокращения размера файла образа можно запустить cmd(командную строку, я запускал от имени администратора) далее как вариант сначала перейти(например с использованием команды cd) в дирректорию C:\Program Files\Oracle\VirtualBox(если у Вас VirtualBox установлено в другую папку - перейти следует в ней). После этого можно выполнить команду для сокращения размера образа для этого выполнить команду VBoxManage.exe modifymedium disk "c:\адрес_папки_с_образом\имя_образа.vdi" --compact в моём случаи вместе с информацией командной строки о текущей выбранной дирректории строка с введённой командой имела вид: C:\Program Files\Oracle\VirtualBox>VBoxManage.exe modifymedium disk "e:\VMs\CentOs7\CentOs7.vdi" --compact